1. 上传的原始测序数据二代或三代测序的原始序列读数应提交至Sequence Read Archive(SRA)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra。
2. 上传前准备建议先注册和登录NCBI账号再进行上传，之后的所有提交记录都会保存在你的账号下，在这里可以查看提交记录：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/。
3. 上传步骤3.1. 选择数据类型
打开提交入口，Submission Portal或BankIt都可以，登录NCBI账号。
Submission Portal提交入口：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/
Submission Portal历史提交记录：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/
BankIt提交入口：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub
BankIt历史提交记录：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?tool=genbank&form=history
选择上传的数据类别：
Unassembled sequence reads (SRA)：未组装的测序reads3.2. 进入Submission Portal门户网站选完数据类型，会自动进入Submission Portal门户网站
提交者信息Submitter
包括姓名First and Last name，邮箱Email，单位Submitting organization(学校)，部门Department(学院)，街道Street，城市City，省/州State/Province，邮编Postal code，国家Country。
在最后可以选择Update my contact information in profile会更新填写的信息到账号，下一次新填写就默认填入提交者信息了。
一般性的信息General info
BioProject和BioSample是所有提交到GenBank都需要的，属于哪个项目，用了哪个样本。
可以先注册这两项再在这里提供accession number；也可以选择还未注册提交之后会增加填写BioProject和BioSample信息的步骤然后自动注册新的；
同一个项目同一个样品多个测序文件，比如基因组测序最常见的方案（Illumina PE的 DNA-Seq和RNA-Seq，以及PacBio SMRT），可以在一次提交中一同提交。
释放日期Release date可以指定日期，也可以提交通过后立即释放；释放日期可以提交后发邮件更改的；
Project info【如果2填了没有已有的BioProject就会出现这一项】
提供创建新的BioProject的信息
项目题目Project title，项目描述Project description，和领域Relevance
可选项：相关的外部链接External links，基金grants
BioSample Type【如果2填了没有已有的BioSample就会出现这一项】
NCBI packages：样品类型，选Plant。可以填学名来筛选。
BioSample Attributes【如果2填了没有已有的BioSample就会出现这一项】
如果是批量提交，可以用excel或csv表格提交多个BioSamples信息。
样品名称Sample Name：区别于其他样品的唯一名称。可以用lab惯用的样品命名，比如YZ_Mc_01。
生物名称Organism，填物种学名；
个体描述isolate/栽培名称cultivar/生态型ecotype三选一填，填样本个体的唯一标识符ID。
年龄age/发育阶段development stage二选一填。
地理位置geographic location：可以填国家China
组织tissue：填写取样部位，eg. leaf，flower，root，stem.
SRA Metadata
如果是批量提交，可以用excel或csv表格提交多条信息。
样品名称Sample Name：选择BioSample Attributes中填的。
Library ID：测序前建库的ID，是独一无二的。
Title：通常用这种形式：{methodology} of {organism}:{sample info}，如RNA-Seq of Bauhinia variegata: mature flower。
Library strategy：建库策略，二代和三代测序选全基因组测序WGS。
Library source：DNA-Seq和RNA-Seq通常Genomic或Transcriptomic。
Library selection：二代和三代测序选RANDOM
Library layout：单端 single或双端 paired
Platform：测序平台，Illumina或Pacbio_SMRT等。
Instrument model：具体的测序仪器型号。如Illumina NovaSeq 6000和PacBio RS II。
Design description：建库方法的简短描述。如TruSeq library preparation from genomic DNA。
Filetype：fastq或bam等。如果选择bam格式，会被认为是比对文件，需要填写比对用的参考基因组。
Reference FASTA File：上传bam格式文件时才需要填写，填bam文件比对用的参考序列的文件名。
Reference assembly：上传bam格式文件时才需要填写，填bam文件比对用的参考序列的组装。如果上传的是未aligned的bam文件（比如PacBio三代测序原始数据，常用bam格式，但没有做比对），在这一栏填unaligned即可。
Filename：文件名，包含文件后缀。如果双端测序就两个文件名。
Files
提交SRA文件，fastq格式或者bam格式等格式的文件，支持fq.gz压缩格式。
多种上传方式：FTP或Aspera命令行上传文件夹(10-100GB)，或者网页提交(<2GB)或Aspera Connect plugin(2-10GB)上传文件。其中Aspera命令行上传最快。
NCBI网站写着FTP或Aspera命令行上传10-100GB的数据，但实测400多GB的数据通过Aspera命令也是可以上传成功的。
Linux系统下推荐Aspera命令行上传：(1)把要上传的文件全部放在一个文件夹下；(2)下载和安装Aspera Connect software；(3)下载key file文件；(4) 运行命令 ascp -i
有时文件较大需要等待较长时间，可以选择自动完成提交（Autofinish submission），选择后在上传文件完成后自动检查，没有问题就自动提交。
提交之后会检查信息是否错误，按提示修改。
Review&Submit：最后检查一遍信息没错误就确认提交。
没什么问题的话，两个工作日内会发邮件告知GenBank accession numbers，可用于文章引用。
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